Il candidato parteciperà al reclutamento di un campione adatto allo studio della genetica dell'aterosclerosi, alle relative analisi molecolari e all'applicazione di test statistici di associazione genetica. Inoltre contribuira' alla messa a punto di un sistema di gestione dei dati e scambio di informazioni tra i centri partecipanti a uno studio multicentrico su scala nazionale.E' richiesta una frequenza assidua dei laboratori per circa 1 anno. Il candidato acquisira' tecniche di genetica molecolare di base e importanti conoscenze di bioinformatica applicata alla genetica

Il tirocinante parteciperà ad un progetto Europeo di "high content phenotyping screening" mirato alla caratterizzazione della funzione dei membri della famiglia delle fosfatasi. Lo studente sarà responsabile dell'analisi automatica di fenotipi cellulari osservati mediante microscopia a fluorescenza di cellule sottosposte ad inteferenza per l'espressione di geni che codificano per le fosfatasi . Il progetto richiede una buona competenza informatica, un forte interesse a risolvere problemi biologici fondamentali e la capacità di interfacciarsi con colleghi con competenze sostanzialmente diverse.

La principale attivita' proposta per Il tirocinio riguarda lo sviluppo di strumenti bionformatici ed intefacce grafiche per l'analisi dei dati depositati nella banca dati di interazioni proteiche MINT. Il candidato ideale dovrebbe avere gia' una qualche esperienza e/o forte interesse nello sviluppo e amministrazione di banche dati (PostgreSQ)L e nello progettazione di intefacce WEB basate sul linguaggio Java. Lo studente tirocinante sara' anche incoraggiato ad interagire con i membri del laboratorio per l'utilizzo intelligente dei dati presenti nel database per l'interpretazione dei dati sperimentali prodotti dal gruppo e la formulazione di nuove ipotesi da testare sperimentalmente.

Lo studente tirocinante dovra' contribuire a sviluppare un approccio che permetta di integrare diversi dati high throughput (espressione, localizzazione, topologia della rete di interazione proteica etc..) per arrivare alla predizione della funzione dei diversi membri della famiglia delle fosfatasi a tirosina umane. Lo studente dovra' partire da una buona competenza in liguaggi di programmazione qual python e/o PERL. Il tircinante dovra' anche acquistare esperienza in approcci di integrazioni dati mediante metodi Baiesiani e reti neurali. La conoscenza di pacchetti statistici come R o di integrazione dati come Weka rappresentera' un vantaggio.

Il tirocinante sviluppera' ulteriormente ed utilizzera' un modello di cellula basato su un automa cellulare. E' necessaria una buona conoscenza di C e/o C++. Lo scopo del progetto riguarda la definizione della caratteristiche topologiche della rete di interazione tra le cellule ce portano all'organizzazione della cellula come sistema complesso

Le topoisomerasi sono una famiglia di enzimi ubiquitari, di rilevante interesse medico in quanto unico bersaglio di farmaci antitumorali quali la camptotecina ed i suoi derivati idrosolubili. Il complesso ternario DNA-topoisomerasi I-farmaco verra' studiato al fine di comprendere il ruolo di ogni residuo nella stabilizzazione del farmaco attraverso calcoli ab-initio ed estese simulazioni di dinamica molecolare classica effettuate comparando la proteina nativa ed i mutanti farmaco-resistenti in presenza del farmaco. I risultati verranno confrontati con dati ottenuti sperimentalmente. La tematica e' adatta sia a studenti con profilo informatico che biomedico.

Casi di studio possibili (alternativi): l'Osservatorio della Biodiversità del Lazio (OBL) oppure, in alternativa, dati sulla Biodiversità del Nepal. Motivazioni della proposta: L'Osservatorio della Biodiversità del Lazio dispone già di un web-gis i cui punti di forza sono costituiti dalla ricca dotazione di strati informativi e dall'automazione di alcune query ma che presenta come punto di debolezza una rigidezza eccessiva agli aggiornamenti dei dati e delle funzionalità. Per quanto riguarda il Nepal caso di studio prefigurerebbe la costruzione di un ipotetico, iniziale, l'Osservatorio per la Biodiversità del Nepal. Risultati attesi: implementazione di un progetto pilota.

Motivazioni della proposta: La necessità del monitoraggio di habitat e specie imposta dalla direttiva CE 92/43 richiede l'organizzazione di un sistema di acquisizione di dati organizzati provenienti da strutture sparse sul territorio. Risultati attesi: implementazione di un progetto pilota

Motivazioni della proposta: In Italia occorre mettere a punto procedure che permettano di costruire un servizio di georeferenziamento dei dati attuali e pregressi sulla biodiversità dal funzionamento standardizzato e controllabile. Risultati attesi: implementazione di un progetto pilota

La progettazione di farmaci che interferiscono con l'assorbimento di metalli di transizione e' una strategia innovativa per combattere le infezioni batteriche. Il sistema di captazione batterica Zn (II) svolge un ruolo fondamentale nella resistenza batterica ai meccanismi di difesa degli ospiti. Mutanti privi della proteina ZnuA di Salmonella mostrano infettivita' ridotta indicando che il sistema di captazione dello zinco rappresenta un obiettivo valido per il drug design. Su questa base verra' effettuato un drug design in silico attraverso docking molecolare e screening virtuale per l'identificazione di nuovi agenti antimicrobici. I risultati verranno confrontati con dati ottenuti sperimentalmente. La tematica e' adatta sia a studenti con profilo informatico che biomedico.

L'evento cruciale del processo aterosclerotico, rappresentato dalla captazione del colesterolo ossidato (ox-LDL) dal torrente circolatorio e dalla sua internalizzazione nella parete delle arterie, avviene attraverso il recettore LOX-1. Scopo del progetto e' di utilizzare la dinamica molecolare classica ed il docking molecolare per la generazione di molecole altamente selettive nell'inibire il legame tra l'ox-LDL ed il recettore LOX-1 che possano essere utilizzate in una prospettiva terapeutica. I risultati verranno confrontati con dati ottenuti sperimentalmente. La tematica e' adatta sia a studenti con profilo informatico che biomedico.

Le proteine pro-apoptotiche Bax e Bak formano complessi supramolecolari nella membrana mitocondriale, che consentono il rilascio dei fattori pro-apoptotici. Si vuole eseguire una simulazione in silico per verificare la potenzialita? dei due residui cisteinici esposti di Bax e Bak a formare disulfidi intra ed inter-proteici in condizioni ossidative, e verificare il ruolo di tali disulfidi nella formazione dei complessi multiproteici e nei fenomeni di attivazione molecolare di Bax e Bak

il lavoro si sviluppa con: Raccolta di un dataset di geni disponibili per il pathway metabolico coinvolto Uso di algoritmi dedicati alla ricerca di TFBSs (transcription factor binding site ) Singola specie molti geni per il controllo di sequenze co-regolate Singolo gene molte specie per l'identificazione di singoli TFBS

Il lavoro prevede l'impostazione di un database contenente dati di letteratura su aplogruppi e aplotipi del cromosoma Y umano. L'interrogazione sara' orientata a ricercare cromosomi filogeneticamente affini e ricostruirne la dispersione in maniera analoga a quanto viene effettuato per il mtDNA [Forster, P. et al. Continental and subcontinental distributions of mtDNA control region types. Int J Legal Med 116, 99-108 (2002)].