Lab5

uso di psi-blast

1) procurarsi la sequenza della proteina umana FHIT in formato fasta (cercare in UniProt le sequenze che abbiano gene name= FHIT e organism= Homo sapiens);

2) utilizzare questa sequenza in input per psi-blast, contro il database nr;

3) esaminare il primo output (sequenza query vs il database nr);

4) scegliere una adeguata soglia di e-value e lanciare la seconda iterazione di psi-blast;

5) esaminare l'elenco di proteine nel nuovo output controllando le proteine nuove e i relativi e-value;

6) continuare a lanciare iterazioni fino a convergenza (ovvero fino a che non si trovano nuove proteine nell'output);

7) se non si arriva a convergenza, ricominciare da capo con soglie di e-value piu' basse.

Ensembl

8) Esplorare Ensembl e accedere al cariotipo dell'uomo e di zebrafish;
9) confrontare il numero dei cromosomi dei due organismi e il numero di protein coding genes nei cromosomi 2 di entrambi;
10) utilizzando la ricerca per parola-chiave, accedere alla home page del gene per l'interleuchina 2 umano;
11) esplorare il sito come visto a lezione e, in particolare, modificare se necessario la modalita' di visualizzazione della pagina ("Configure this page") per arrivare a farsi mostrare i nucleotidi e la traduzione dei 6 reading frames di uno degli esoni del gene (utilizzare il mouse per centrare le sequenze esoniche);
12) Visualizzare le informazioni sui trascritti dell'interleuchina 2, la supporting evidence e le sequenze degli esoni e degli introni;

13) visualizzare le informazioni sul prodotto proteico del gene.
14) Utilizzando dal menu a sinistra export data, visualizzare la sequenza di del cDNA in formato fasta, solo testo.