Lab4

uso di blast

1) Collegarsi a. sito dell'NCBI e trovare la pagina di blast (blastp) per sequeze proteiche; 


2) lanciare la proteina umana myoglobin contro la banca dati SwissProt;


3) osservare con attenzione tutte le parti dell'output di blast (eventuali domini, output grafico, descrizioni delle proteine simili identificate, allineamenti, allineamento multiplo); 


4) scegliere due allineamenti a basso e ad alto E-value (ad esempio: 6e-47 e 0.091);


5) per ognuno degli allineamenti scelti, annotare i nomi delle proteine, il punteggio di blast, la percentuale di identita';


6) rilanciare la ricerca variando i parametri (matrice di sostituzione o altro) e valutare la diversita' degli output ottenuti.

uso di ClustalW

7) Identificare l'entry relativa alla subunità grande della signal recognition particle di organismi appartenenti al genere Pyrococcus abyssi (taxonomy: Pyrococcus abyssi);

8) identificare le quattro o cinque proteine di Swiss-Prot significativamente simili alla signal  recognition  particle di organismi appartenenti al genere Pyrococcus abyssi (taxonomy: Pyrococcus abyssi - E-value <  e-41), scegliendole non troppo simili tra loro;

9) procurarsi le sequenze delle proteine scelte in formato fasta da UniProt utilizzando l'entry name estratto dall'output di blast (es.: prot1_pyrab, confrontare l'ID riportato nell'intestazione dei singoli allineamenti);

10) lanciare ClustalW sulle proteine scelte (quelle di P. abyssi + le 4 ortologhe identificate con blast);

11) esaminare l'output di ClustalW:

Alignments

-           esaminare l’allineamento ottenuto;

-           esaminare l’allineamento in colore;

Results summary

-           esaminare la “scores table”;

-           ordinare il contenuto della tabella per punteggio (dal maggiore al minore);

-           visualizzare l’output file;

Guide tree

-           esaminare cladogramma

-           e filogramma