Lab3

misure di similarita'

1) assegna un punto per ogni residuo identico nella stessa posizione dell'allineamento e usa come gap penalty = -1 e come gap extension penalty = -0,1

ATGCCTGACGTATATA           ATGCCTGACGTTTATA           ATGCCTGACGT-TATA

ATGCCTGACGTATATA           ATGCCTCACGTATATA           ATGC-TGACGATTATA

2) assegna un punto per ogni residuo identico nella stessa posizione dell'allineamento e usa come gap penalty = -1 e come gap extension penalty = -0,1

ATG-CTGACGTATATA           ATGC---ACGTTTATA           AGGCCTGACGTTTATA

ATGCCTGAC---TATA           ATGCCTCACGTATATA           ATGCCTGA----TATA

3) utilizza la matrice di sostituzione all'indirizzo http://bioinformatica.uniroma2.it/bioinformatica/PAM250.html per valutare i seguenti allineamenti, e usa come gap penalty = -1 e come gap extension penalty = -0,1

AGHYRDSWNM          AGH-RDSWNM          AGH---SWNM

ASHFKETWQM          ASHFKE-WQM          ASHFKETWQM


uso di blast2

4) procurarsi le sequenze della mioglobina umana e della mioglobina murina in formato fasta;

5) accedere al website del programma blast2;

6) lanciare il confronto tra le due sequenze proteiche, osservare il dotplot e l'allineamento ottenuto;