Lab1

1) lanciare un browser di rete (mozilla-firefox nei sistemi linux e macintosh oppure explorer nei sistemi windows) e collegarsi al sito del corso di bioinformatica all'indirizzo:  http://bioinformatica.uniroma2.it/bioinformaticaLMBM/;
2) esplorare il sito del corso, individuare i link per scaricare i files powerpoint delle lezioni e i podcast :

3) seguire il link per le esercitazioni ed aprire il file lab1.htm.

Ricerca generica in UniProt
4) Collegarsi a UniProt e lanciare una ricerca generica con parola-chiave Homo sapiens;

5) analizzare l'output, appuntandosi il numero di entries elencate, sia della Swissprot che di trEMBL;

6) aggiungere la parola-chiave frataxin;

7) appuntarsi il numero e il tipo di entries ottenute.

Ricerca per campi in UniProt

8) farsi elencare tutte le entries che nel campo organism contengano la parola-chiave Homo sapiens (verificare la presenza del codice numerico in coda);

9) appuntarsi il numero di entries ottenuto, sia totale che suddiviso per Swissprot e trEMBL;
10) richiedere l'intersezione con l'insieme delle proteine che abbiano nel protein name la parola-chiave frataxin.

11) esaminare con attenzione l'entry della frataxin umana: nome e origine, attributi, "general annotations", "sequence annotations (features)";

12) visualizzare la sequenza della proteina, sia nel formato classico di UniProt che nel formato fasta;

13) esaminare l'elenco delle referenze e dedicare particolare attenzione alle Cross-references;

14) esplorare i link delle cross-referenze che sembrano interessanti, tornando poi indietro e continuando fino a fine file.

15) Identificare il numero di proteine in UniProt appartenenti alla pianta Arabidopsis thaliana;
16) identificare tutte le chinasi della stessa pianta (ovvero tutte le proteine che nel "protein name" contengano la keyword kinase oppure tutte le proteine della "protein family" kinase);
17) accedere all'entry della uridilato chinasi della stessa specie (possibilmente SwissProt) ed esaminarla attentamente: cercare le cross-referenze e le annotazioni alla sequenza, seguirne i link; esaminare la sequenza stessa (anche in formato fasta