riempire tutta la matrice (in tutti gli elementi in alto a sinistra) con i valori della matrice di sostituzione scelta

	N	W	H	N	N	L	C	R	H	W
C	-4	-8	-3	-4	-4	-6	12	-4	-3	-8
W	-4	17	-3	-4	-4	-2	-8	2	-3	17
Y	-2	0	0	-2	-2	-1	0	-4	0	0
M	-2	-4	-2	-2	-2	4	-5	0	-2	-4
C	-4	-8	-3	-4	-4	-6	12	-4	-3	-8
G	0	-7	-2	0	0	-4	-3	-3	-2	-7
K	1	-3	0	1	1	-3	-5	3	0	-3
Q	1	-5	3	1	1	-2	-5	1	3	-5
N	2	-4	2	2	2	-3	-4	0	2	-4

regole "speciali" per la prima riga e la prima colonna

0	N 0	W 0	H 0	N 0	N 0	L 0	C 0	R 0	H 0	W 0
C 0	-4	-8	-3	-4	-4	-6	12	-4	-3	-8
W 0	-4	17	-3	-4	-4	-2	-8	2	-3	17
Y 0	-2	0	0	-2	-2	-1	0	-4	0	0
M 0	-2	-4	-2	-2	-2	4	-5	0	-2	-4
C 0	-4	-8	-3	-4	-4	-6	12	-4	-3	-8
G 0	0	-7	-2	0	0	-4	-3	-3	-2	-7
K 0	1	-3	0	1	1	-3	-5	3	0	-3
Q 0	1	-5	3	1	1	-2	-5	1	3	-5
N 0	2	-4	2	2	2	-3	-4	0	2	-4

riempimento della prima riga e della prima colonna:

0	N 0	W 0	H 0	N 0	N 0	L 0	C 0	R 0	H 0	W 0
C 0	-4 0	-8 0	-3 0	-4 0	-4 0	-6 0	12 12	-4 7	-3 2	-8 0
W 0	-4 0	17	-3	-4	-4	-2	-8	2	-3	17
Y 0	-2 0	0	0	-2	-2	-1	0	-4	0	0
M 0	-2 0	-4	-2	-2	-2	4	-5	0	-2	-4
C 0	-4 0	-8	-3	-4	-4	-6	12	-4	-3	-8
G 0	0 0	-7	-2	0	0	-4	-3	-3	-2	-7
K 0	1 1	-3	0	1	1	-3	-5	3	0	-3
Q 0	1 1	-5	3	1	1	-2	-5	1	3	-5
N 0	2 2	-4	2	2	2	-3	-4	0	2	-4

riempimento della seconda riga:

	N	W	H	N	N	L	C	R	H	W
C	-4 0	-8 0	-3 0	-4 0	-4 0	-6 0	12 12	-4 7	-3 2	-8 0
W	-4 0	17 17	-3 12	-4 7	-4 2	-2 0	-8 7	2 14	-3 9	17 19
Y	-2 0	0	0	-2	-2	-1	0	-4	0	0
M	-2 0	-4	-2	-2	-2	4	-5	0	-2	-4
C	-4 0	-8	-3	-4	-4	-6	12	-4	-3	-8
G	0 0	-7	-2	0	0	-4	-3	-3	-2	-7
K	1 1	-3	0	1	1	-3	-5	3	0	-3
Q	1 1	-5	3	1	1	-2	-5	1	3	-5
N	2 2	-4	2	2	2	-3	-4	0	2	-4

proseguire e riempire tutto

	N	W	H	N	N	L	C	R	H	W
C	-4 0	-8 0	-3 0	-4 0	-4 0	-6 0	12 12	-4 7	-3 2	-8 0
W	-4 0	17 17	-3 12	-4 7	-4 2	-2 0	-8 7	2 14	-3 9	17 19
Y	-2 0	0 12	0 17	-2 12	-2 7	-1 2	0 2	-4 9	0 14	0 14
M	-2 0	-4 7	-2 12	-2 15	-2 10	4 11	-5 6	0 4	-2 9	-4 10
C	-4 0	-8 2	-3 7	-4 10	-4 11	-6 6	12 23	-4 18	-3 13	-8 8
G	0 0	-7 0	-2 2	0 7	0 10	-4 7	-3 18	-3 20	-2 16	-7 11
K	1 1	-3 0	0 0	1 3	1 8	-3 7	-5 13	3 21	0 20	-3 15
Q	1 1	-5 0	3 3	1 1	1 4	-2 6	-5 8	1 16	3 24	-5 19
N	2 2	-4 0	2 2	2 5	2 3	-3 1	-4 3	0 11	2 19	-4 20

identificare il valore piu' alto all'interno della matrice (24) e spostarsi in direzione tendenzialmente verso l'alto e verso sinistra seguendo il percorso segnato con le freccette durante il riempimento

	N	W	H	N	N	L	C	R	H	W
C	-4 0	-8 0	-3 0	-4 0	-4 0	-6 0	12 12	-4 7	-3 2	-8 0
W	-4 0	17 17	-3 12	-4 7	-4 2	-2 0	-8 7	2 14	-3 9	17 19
Y	-2 0	0 12	0 17	-2 12	-2 7	-1 2	0 2	-4 9	0 14	0 14
M	-2 0	-4 7	-2 12	-2 15	-2 10	4 11	-5 6	0 4	-2 9	-4 10
C	-4 0	-8 2	-3 7	-4 10	-4 11	-6 6	12 23	-4 18	-3 13	-8 8
G	0 0	-7 0	-2 2	0 7	0 10	-4 7	-3 18	-3 20	-2 16	-7 11
K	1 1	-3 0	0 0	1 3	1 8	-3 7	-5 13	3 21	0 20	-3 15
Q	1 1	-5 0	3 3	1 1	1 4	-2 6	-5 8	1 16	3 24	-5 19
N	2 2	-4 0	2 2	2 5	2 3	-3 1	-4 3	0 11	2 19	-4 20

e cominciare a costruire l'allineamento locale:

RH

KQ

proseguire eventualmente inserendo gap nell'una e/o nell'altra delle due sequenze

	N	W	H	N	N	L	C	R	H	W
C	-4 0	-8 0	-3 0	-4 0	-4 0	-6 0	12 12	-4 7	-3 2	-8 0
W	-4 0	17 17	-3 12	-4 7	-4 2	-2 0	-8 7	2 14	-3 9	17 19
Y	-2 0	0 12	0 17	-2 12	-2 7	-1 2	0 2	-4 9	0 14	0 14
M	-2 0	-4 7	-2 12	-2 15	-2 10	4 11	-5 6	0 4	-2 9	-4 10
C	-4 0	-8 2	-3 7	-4 10	-4 11	-6 6	12 23	-4 18	-3 13	-8 8
G	0 0	-7 0	-2 2	0 7	0 10	-4 7	-3 18	-3 20	-2 16	-7 11
K	1 1	-3 0	0 0	1 3	1 8	-3 7	-5 13	3 21	0 20	-3 15
Q	1 1	-5 0	3 3	1 1	1 4	-2 6	-5 8	1 16	3 24	-5 19
N	2 2	-4 0	2 2	2 5	2 3	-3 1	-4 3	0 11	2 19	-4 20

allineamento locale finale:

WHNNLC-RH

WY--MCGKQ