Programma del corso di Genomica e Bioinformatica dei Microrganismi (6 cfu)

Materiale didattico: pdf delle lezioni fornite dal docente

Modalità di esame: test in itinere, valutazione progetto, prova finale scritta

Obiettivi: Conoscere ed approfondire gli approcci sperimentali e gli strumenti bioinformatici utili per l’ ottenimento e l’analisi dei dati genetici dei procarioti e dei loro virus. Nello specifico, l’ obiettivo del corso è quello di fornire una panoramica degli approcci di Next Generation Sequencing (NGS) utilizzati per l’analisi dei microrganismi e di presentare una serie di strumenti di bioinformatica utili per l’ analisi di questo tipo di dati.

Objectives: To learn and deepen the experimental approaches and bioinformatics tools for the obtainment and the analysis of genetic data of prokaryotes and their viruses. In particular, the objective of the course is to provide an overview of the Next Generation Sequencing (NGS) approaches used for the analysis of microorganisms and to show a set of bioinformatics tools for the analysis of this data.

Programma del corso: Introduzione al corso. Panoramica sulle piattaforme di Next-Generation Sequencing (NGS) e loro utilizzo in microbiologia. Formati di file frequentemente utilizzati in analisi di dati NGS. Interrogazioni di databases afferenti all’ International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC). Manipolazione dei file e conversione fra formati ed estrazione dati tramite script ed interfacce web. Valutazione della qualità dei risultati di un esperimento NGS. Approcci analitici di dati NGS di microbiologia: read mapping e assemblaggio de novo. Annotazione di genomi batterici e di virus procariotici. Interfacce web utili per la bioinformatica dei microrganismi. Studio di comunità microbiche. Studio di evoluzione microbica.

Program of the course: Introduction to the course. Overview of Next-Generation Sequencing (NGS) platforms and their use in microbiology. File formats commonly used in the analysis of NGS data. Databases queries of databases of the International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC). File manipulation and conversion between formats and data extraction using both scripts and web interfaces. Evaluation of the quality of the results of an NGS experiment. Analytical approaches of NGS data in microbiology: read mapping and de novo assembly. Annotation of bacterial genomes and prokaryotic virus. Web interfaces useful for bioinformatics of microorganisms. Study of microbial communities. Study of microbial evolution.